Genetic terminology

  1. genet­ic hitch­hik­ing: 遗传搭车
  2. sin­gle­ton: SNP’s shared by more than one indi­vid­u­al indi­cate lev­els of relat­ed­ness, while SNP’s found only with­in one indi­vid­u­al, referred to as “sin­gle­tons”, indi­cate unique­ness.

subtle ggplot2 techniques

  1. His­tograms (geom_his­togram) dis­play the count with bars;
    fre­quen­cy poly­gons (geom_fre­qpoly), dis­play the counts with lines.
  2. how to remove extra base line in ggplot2-den­si­ty plots? (https://groups.google.com/forum/#!topic/ggplot2/I3fXMH8foEs) ggplot(a,aes(x=V1))+geom_density() = ggplot(a,aes(x=V1))+geom_line(stat=“density”)

VNC (virtual network computing) server

  1. realVNC
  2. TigerVNC
    1. 在被远程操控端安装TigerVNC服务器端
    
    vncserver :3 #启动用户窗口(非root)
    设置密码
    
    2. 安装tigerVNC本地版:https://bintray.com/tigervnc/stable/tigervnc/1.8.0#files
    3. 在使用端安装并运行TigerVNC客户端
    
    输入ip:3
    输入密码
  3. teamview­er

Install Perl and package (local)

Install local Perl

1. down­load source code

http://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.26.0.tar.gz

2. ./configure prefix=/path/to/directory

3. make –j 60

4. make –j 60 test

Failed 12 tests out of 2373, 99.49% okay.
        ../cpan/Memoize/t/errors.t
        ../cpan/Memoize/t/tie_ndbm.t
        ../dist/Storable/t/lock.t
        ../dist/Tie-File/t/14_lock.t
        ../dist/Time-HiRes/t/utime.t
        ../ext/GDBM_File/t/fatal.t
        ../ext/GDBM_File/t/gdbm.t
        ../ext/NDBM_File/t/ndbm.t
        ../lib/AnyDBM_File.t
        ../lib/perlbug.t
        op/coreamp.t
        op/dbm.t

5. make –j 60 install DESTDIR=/path/to/dir

6. setup envi­ron­ment:

export PATH=/bin 
export PERL5LIB=/lib/perl5/5.26.0 #about @INC

Install local pack­ages

7. install local pack­age

perl Makefile.PL PREFIX=/path/to/directory
make
make install

or build
perl Build.PL
./Build --prefix=/path/to/directory

export PERL5LIB="/path/to/directory/lib64/perl5/:/path/to/directory/share/perl5/:

JAVA parameters

Document: http://docs.oracle.com/javase/6/docs/technotes/tools/windows/java.html

  1. 查看各种参数默认值:java -XX:+PrintFlagsFinal
  2. -Xmx: Specify the maximum size, in bytes, of the memory allocation pool. (MaxHeapSize)
    设置太小,程序一超过就会产生错误OOM:

    Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded
  3. -Xms: Specify the initial size, in bytes, of the memory allocation pool. (InitialHeapSize)
    设置太大,程序一运行就会产生错误:

    # There is insufficient memory for the Java Runtime Environment to continue.
    # Native memory allocation (mmap) failed to map 143165751296 bytes for committing reserved memory.# There is insufficient memory for the Java Runtime Environment to continue.
    # Native memory allocation (mmap) failed to map 143165751296 bytes for committing reserved memory.
    Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM warning: INFO: os::commit_memory(0x00002b1f93400000, 143165751296, 0) failed; error='Cannot allocate memory' (errno=12)
  4. foobar

穆斯林的葬礼

简笔描绘:

  1. 故事讲述了韩家三代人的故事,第一代:梁亦清,第二代:韩子奇,第三代:韩新月。
  2. 故事背景是在日本发动侵华战争前一段时间到建国后一段时间。
  3. 故事的主线是以玉为依托,琢玉、卖玉、失玉。
  4. 故事的人物身份主要是回族。
  5. 爱情是本书的一大主题。
  6. 悲剧是本书的收尾。
  7. 故事的世界范围为:中国北京、欧洲英国。
  8. 穆斯林的信仰、回族人的能力。

File System

1 基本操作(文件和目录[目录是文件系统维护的特殊文件])

创建和删除文件
打开文件以进行读取和写入
在文件中搜索
关闭文件
创建目录以存储一组文件
列出目录内容
从目录中删除文件

2 Com­mon com­mand

blkid -U UUID
lsblk

3 fdisk

sudo fdisk -l
sudo fdisk /dev/sdb1

4 disks

5 par­ti­tion types

6 /etc/fstab

7 swap

8 ntfs­fix

ntfsfix  is a utility that fixes some common NTFS problems. 
ntfsfix is NOT a Linux version of chkdsk.

It only repairs some  fundamental  NTFSinconsistencies,  
resets  the  NTFS  journal file and schedules an NTFS 
consistency check for the first boot into Windows.

You may run ntfsfix on an NTFS volume if you think 
it  was  damaged  byWindows or some other way and 
it cannot be mounted.

9.

advanced shell programming

  1. eval
  2. xargs
  3. awk [Aho Wein­berg­er Kernighan]
  4. sed [stream edi­tor]
    sed '$,$ d' input > output #删除最后一行
  5. trun­cate last line
    if [ $# == 0 ];then
         echo "USAGE:sh $0 filename is_there_newline"
         exit 0
    fi
    
    LAST=$(tail -n 1 $1)
    let TRUNCATE_SIZE="${#LAST} + $2"
    truncate -s -"$TRUNCATE_SIZE" $1
  6. set –x
    set指令能设置所使用shell的执行方式,可依照不同的需求来做设置
     +<参数>  取消某个set曾启动的参数。
     -a  标示已修改的变量,以供输出至环境变量。 
     -b  使被中止的后台程序立刻回报执行状态。 
     -C  转向所产生的文件无法覆盖已存在的文件。 
     -d  Shell预设会用杂凑表记忆使用过的指令,以加速指令的执行。
    使用-d参数可取消。 
     -e  若指令传回值不等于0,则立即退出shell。   
     -f   取消使用通配符。 
     -h  自动记录函数的所在位置。 
     -H Shell  可利用"!"加<指令编号>的方式来执行history中记录的
    指令。 
     -k  指令所给的参数都会被视为此指令的环境变量。 
     -l  记录for循环的变量名称。 
     -m  使用监视模式。 
     -n  只读取指令,而不实际执行。 
     -p  启动优先顺序模式。 
     -P  启动-P参数后,执行指令时,会以实际的文件或目录来取代符号
    连接。 
     -t  执行完随后的指令,即退出shell。 
     -u  当执行时使用到未定义过的变量,则显示错误信息。 
     -v  显示shell所读取的输入值。 
     -x  执行指令后,会先显示该指令及所下的参数。
  7. I/O重定向
    >| filename:即使noclobber选项已开启,仍然强制将标准输出写到
    文件filename之中,即将filename文件覆盖掉。
    
    noclobber
    When setting 'noclobber' overwriting the content 
    of an existing file by the '>' redirection operator 
    will not be possible. You might have typed '>' to 
    redirect the output of a certain command to an 
    existing file, while you intended to use '>>' 
    redirection operator.
  8. 在双引号内使用单引号,不需要加反斜线;使用双引号需要加反斜线;

分子进化与系统发育

  1. 平行突变与回复突变
    平行突变,遗传自同一祖先序列的两条序列上同一位置的两个碱基突变成了同样的碱基类型;
    回复突变,一个碱基在经历多次突变后回复到了最开始的碱基类型。
    当序列间亲缘关系较近时,p距离可用来估计每位点上的核苷酸替代数。然而,当p较大时,它低估了替代数,因为没有考虑回复和平行突变。这个问题对核苷酸序列比氨基酸序列更为严重,因为在核苷酸序列中只有四种状态。
  2. 核苷酸替代模型:
    Jukes & Can­tor
    F84
  3. foo­bar

VBA (Visual Basic for Applications) 正则替换

Private Sub RegExp_Replace()

    Dim RegExp As Object
    Dim SearchRange As Range, Cell As Range
    
    '此处定义正则表达式
    Set RegExp = CreateObject("vbscript.regexp")
    RegExp.Pattern = ":.*"
     
    '此处指定查找范围
    Set SearchRange = ActiveSheet.Range("K2:O20")
    
    '遍历查找范围内的单元格
    For Each Cell In SearchRange
        Set Matches = RegExp.Execute(Cell.Value)
        If Matches.Count >= 1 Then
            Set Match = Matches(0)
            Cell.Value = RegExp.Replace(Cell.Value, "")
        End If
    Next

End Sub

Compile

  1. cmake
  2. make
    make -j <number of threads>
    make命令支持多线程。Makefile:make命令会自动根据Makefile文件进行编译。

    Make Error 137

  3. build
  4. boost
  5. command:
    cmake -DBoost_NO_BOOST_CMAKE=ON \
    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/path/to/directory/ ..
  6. foobar