1-based
software:
1). samtools;
2). annovar;
3). stringtie (gtf file,gene_abundance file);
4). blast (blastn,tblastn)
file format:
1). vcf：只有第二列为POS信息；
2). sam/bam：只有第四列为POS信息；
3). gff (闭区间)：第四列和第五列给定开始和结束
1. gff格式还要注意其strand（正负链）和phase（要从该feature开头移走的碱基个数）
2. 这个维基百科网页（https://en.wikipedia.org/wiki/General_feature_format）在说和bed一样为half-open（半开），估计误导了一大片人。
4). the Description of Sequence Variants (nomenclature)
5). gencode: 第四列和第五列给定开始和结束
6). ANNOVAR input file
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0-based
software:
file format:
1). bed（左闭右开）：
1. 注意给strand
2. 第二列和第三列给定开始和结束 (比如3 5，包含的是第4个碱基到第5个碱基之间的序列[这里的第4和第5是在1-based的坐标语境中]，一共2个碱基)；