分子进化与系统发育

  1. 平行突变与回复突变
    平行突变,遗传自同一祖先序列的两条序列上同一位置的两个碱基突变成了同样的碱基类型;
    回复突变,一个碱基在经历多次突变后回复到了最开始的碱基类型。
    当序列间亲缘关系较近时,p距离可用来估计每位点上的核苷酸替代数。然而,当p较大时,它低估了替代数,因为没有考虑回复和平行突变。这个问题对核苷酸序列比氨基酸序列更为严重,因为在核苷酸序列中只有四种状态。
  2. 核苷酸替代模型:
    Jukes & Can­tor
    F84
  3. foo­bar

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